omega-6 MK ovlivňují krevní tlak, teplotu, hojení ran, zánětlivé procesy. Působí ale proti vlivu omega-3 MK, proto má jejich vysoký příjem nepříznivý vliv např. na srdce a cévy, kosti, záněty, psychickou vyrovnanost, zvyšuje riziko nádorových onemocnění. Mezi omega-6 MK patří kyselina gama-linolenová (GLA), linolová (LA), arachidonová (AA).