Klíčovým předpisem v oblasti výkonu úřední kontroly je pro ČR Nařízení Evropského parlamentu a Rady č. 882/2004 ze dne 29. dubna 2004 o úředních kontrolách za účelem ověření dodržování právních předpisů týkajících se krmiv a potravin a pravidel o zdraví zvířat a dobrých životních podmínkách zvířat, které mimo jiné ukládá členským státům vytvoření odpovídajících podmínek pro zajištění úřední kontroly, zpracování národních plánů kontroly krmiv a potravin, zpracování krizových plánů, specifikuje náplně školení a vzdělávání zaměstnanců, provádění interních auditů a celou řadu dalších povinností. Plnění požadavků tohoto nařízení je pravidelně ověřováno kontrolními misemi orgánů EU. 

Úřední kontroly v celém řetězci v oblasti potravin a krmiv od prvovýroby až po prodej spotřebiteli provádějí příslušné orgány státního dozoru Ministerstva zemědělství (Státní veterinární správa ČR, Státní zemědělská a potravinářská inspekce, Státní rostlinolékařská správa, Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský a Ústav pro kontrolu veterinárních biopreparátů a léčiv) a Ministerstva zdravotnictví (orgány ochrany veřejného zdraví). V odůvodněných případech se dále na úřední kontrole podílí Státní úřad pro jadernou bezpečnost a orgány Celní správy České republiky.

Kompetence všech těchto orgánů i jejich odpovědnost jsou stanoveny v příslušných zákonech:

Státní zemědělská a potravinářská inspekce vykonává státní dozor při výrobě a uvádění do oběhu potravin, pokud tento dozor není prováděn orgány veterinární správy, nad ohlášením zásob, dozor na vstupním místě potravin a surovin rostlinného původu ze třetích zemí do ČR.

Státní veterinární správa ČR (orgány veterinární správy) provádí státní dozor při výrobě, skladování, přepravě, dovozu a vývozu surovin a potravin živočišného původu, při prodeji surovin a potravin živočišného původu v tržnicích a na tržištích, při prodeji potravin živočišného původu v prodejnách a prodejních úsecích, kde dochází k úpravě masa, mléka, ryb, drůbeže, vajec nebo k prodeji zvěřiny a v prodejnách potravin, pokud jsou místy určení při příchodu surovin a potravin živočišného původu z členských států Evropské unie.

Orgány ochrany veřejného zdraví provádějí výkon státního dozoru při poskytování stravovacích služeb a ke zjišťování příčin poškození nebo ohrožení zdraví a zamezení šíření infekčních onemocnění nebo jiného poškození zdraví z potravin. Odpovídají také za kontrolu materiálů a předmětů určených pro styk s potravinami.

Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský vykonává státní dozor nad prováděním klasifikace těl jatečných zvířat.

Státní rostlinolékařská správa provádí všechny kontroly, které se týkají rostlin a rostlinných produktů, které jsou potravinou nebo surovinou k jejich výrobě a jsou zároveň jmenovitě stanoveny směrnicí 2000/29/ES jako kontrolní objekt.

Ústav pro státní kontrolu veterinárních biopreparátů a léčiv provádí kontroly v oblastech používání léčivých přípravků při poskytování veterinární péče včetně souvisejících oblastí, v oblasti používání zakázaných látek a v oblasti pravidel pro výrobu a uvádění do oběhu medikovaných krmiv.

Uvedené orgány dozoru dále vykonávají v rámci svých působností dozor nad plněním povinností vyplývajících pro provozovatele potravinářských podniků z bezprostředně závazných předpisů Evropských společenství.