Počátek vytvoření systému zajištění bezpečnosti potravin v ČR lze datovat do roku 2001, kdy Usnesení vlády č. 1320 ze dne 10. prosince 2001 ke Strategii zajištění bezpečnosti potravin v ČR uložilo jednotlivým resortům úkoly tak, aby došlo v ČR k vybudování účinného systému zajišťování BP.
Koordinací úkolů při vytváření systému BP bylo pověřeno Ministerstvo zemědělství ČR, které za tímto účelem zřídilo mezirezortní Koordinační skupinu (KS). Současná struktura, která reflektuje požadavky EU, vychází - stejně jako v ostatních zemích EU - z nařízení Evropského parlamentu a Rady č. 178/2002.
Následný dokument, Usnesení vlády č. 1277 ze dne 15. prosince 2004 ke Strategii zajištění bezpečnosti potravin v České republice po přistoupení k Evropské unii, pak zdůrazňuje zdokonalení systému komunikace v rámci ČR, s členskými státy EU, s orgány EU a třetími zeměmi. Tato Strategie se průběžně vyhodnocuje a podle aktuálních potřeb upřesňuje.
Na fungování systému zajišťování BP se podílejí:
I. ÚSTŘEDNÍ ORGÁNY STÁTNÍ SPRÁVY
Ministerstvo zemědělství
Ministerstvo zdravotnictví
Ministerstvo průmyslu a obchodu
Ministerstvo životního prostředí
Ministerstvo vnitra
Ministerstvo dopravy
Ministerstvo financí
Státní úřad pro jadernou bezpečnost
Každý resort zajišťuje plnění úkolů vyplývajících z jeho pravomocí, jednotlivé resorty při zajišťování bezpečnosti potravin vzájemně spolupracují. Činnosti zajišťované příslušnými resorty:
Ministerstvo zemědělství
– koordinace systému BP
– dozor nad produkcí potravin a krmiv
Ministerstvo zdravotnictví
– hodnocení zdravotních rizik
– dozor nad veřejným stravováním
Ministerstvo životního prostředí
– sledování a hodnocení stavu životního prostředí
Ministerstvo vnitra
– krizové řízení
Státní úřad pro jadernou bezpečnost
– radiační monitoring
Meziresortní spolupráci koordinuje Koordinační skupina bezpečnosti potravin (KS BP).